Età romana
Medioevo
Con l'avvento del Cristianesimo in Italia, nel peri odo tardoantico romano, a Herdonia si attestò la presenza di due venerati martiri di origine nordafricana, i Santi Felice e Donato. Subito dopo il crollo dell'Impero romano d'Occidente, le fonti la accreditano come sede vescovile.
Rimase così per molto tempo sotto la protezione di un vescovo, una figura amministrativa di riferimento per i nuovi governanti dell'epoca e che compensò il prestigio, ormai perduto, della civitas romana. Nei secoli bui fu indicata via via con nomi diversi (Aerdonia, Erdonia, Ardonia, Ardona, oltreché Herdoniae), come riportano numerosi documenti medievali e ottocentesche. Il macellum della città romana. Pare essere sopravvissuta alle razzìe degli ostrogoti di Totila nel VI secolo, e all'invasione del bizantino Costante II che nel VII secolo fronteggiò i longobardi già presenti nella Capitanata.
Il difficile contesto politico ed economico medievale trasformò il luogo, accentuandone il carattere più rurale. Ciò si tradusse con una parziale dispersione della popolazione, dal centro alle campagne circostanti. Molte delle strutture romane, come le taverne e le terme, vennero recuperate e riutilizzate tra il VI e il VII secolo specie per scopi abitativi, mentre l'anfiteatro romano col tempo fu occupato dalle necropol.
Sul finire dell'età altomedievale l'abitato si ridusse ulteriormente, e il territorio della città fu in parte invaso da spazi agricoli e boschivi. Durante l'epoca federiciana una preesistente costruzione religiosa normanna dell'XI secolo (castellum) fu rielaborata e in parte riedificata dagli Svevi, che ne mutarono l'utilizzo in una domus imperiale.
Grazie a questa nuova residenza federiciana il luogo venne in qualche misura ripopolato, come è emerso dai ritrovamenti circostanti alla domus di alcune costruzioni rurali. Il complesso del castello svevo, di cui oggi resta solo qualche traccia, secondo alcuni studiosi era, per le sue funzioni e per le sue dimensioni, del tutto simile alla domus di castel fiorentino, il borgo presso Torremaggiore dove Federico II morì nel 1250.
Il villaggio medievale di Herdonia fu definitivamente abbandonato solo intorno al XIV-XV secolo.
La nascita di Ordona
Tra il XVII e XVIII secolo cominciò il primo vero reinsediamento, in una zona vicina al sito dell'antica città. Sul luogo che poi diventerà il nucleo originario dell'attuale Ordona nacque prima un'azienda agricola di gesuiti, e successivamente sorse uno dei nuovi cinque reali siti colonici, istituiti nel XVIII secolo da re Ferdinando IV di Borbone per ripopolare e riqualificare l'area agricola del tavoliere meridionale. Dal 2004 Erdonia è una sede vescovile titolare.